Oligo
Synteza oligonukleotydów DNA standardowych
Oligonukleotydy DNA na zamówienie oferowane przez firmę Metabion są oligonukleotydami wysokiej jakości i w konkurencyjnej cenie. Startery DNA są syntetycznymi oligonukleotydami produkowanymi na zamówienie według określonej przez klienta sekwencji do zastosowania w różnych aplikacjach od PCR, poprzez sekwencjonowanie, do sond używanych do detekcji genów.
Wraz z zamówionymi przez klienta oligonukleotydami dostarczany jest Kompleksowy Raport z Syntezy zawierający nazwę i sekwencję oligonukleotydu, skład zasad, skalę syntezy, wydajność OD, ilość w µg i nmolach, formę dostarczania (zliofilizowane bądź rozpuszczone w płynie), stężenie starteru, ciężar molekularny, temperatura topnienia, %GC, sposób oczyszczania i wyniki z kontroli jakości.
Oligonukleotydy DNA zwykłe (niemodyfikowane) są dostępne w czterech skalach: 0,02 µmol, 0,04 µmol, 0,2 µmol, 1 µmol oraz w trzech opcjach oczyszczania: nieoczyszczone (tzw. oligonukleotydy odsolone), oczyszczone OPC i oczyszczone HPLC. Nieoczyszczone oligonukleotydy są rekomendowane do PCR, sekwencjonowania i hybrydyzacji. Oczyszczanie OPC jest to rodzaj szybkiego oczyszczania HPLC niemodyfikowanych oligonukleotydów do 40 nukleotydów. Oczyszczanie HPLC polega na oczyszczaniu HPLC sterowanym komputerowo -metodą najwyższej technologii, dzięki której można uzyskać skalę oczyszczenia do 95%.
| Skala | Wydajność | Maks. długość | |
|
|
Nieoczyszczone HPLC |
Oczyszczone HPLC |
|
|
0,02 µmol |
3 OD |
1 OD |
33 mer |
|
0,04 µmol |
5 OD |
2,5 OD |
180 mer |
|
0,2 µmol |
16 OD |
8 OD |
70 mer |
|
1 µmol |
80 OD |
25 OD |
70 mer |
|
*Gwarantowana wydajność odnosi się do oligo 20-merowego +/- 20% Dla standardowych oligo DNA średnia wydajność jest zazwyczaj dwa razy wyższa od wydajności gwarantowanej! |
|||
Synteza oligonukloetydów modyfikowanych
Oligonukleotydy DNA firmy Metabion dostępne są również jako oligonukleotydy znakowane (modyfikowane) na końcach 5’ i 3’ oraz znakowane wewnętrznie. Do znakowania stosowane są znaczniki fluorescencyjne oraz znaczniki niefluorescencyjne.
Znaczniki fluorescencyjne
|
Znacznik 5’ |
Znacznik 3’ |
Znacznik wewnętrzny |
|
6-FAM |
6-FAM |
|
|
TET |
|
|
|
HEX |
HEX |
|
|
TAMRA |
TAMRA |
TAMRA |
|
ROX |
|
|
|
JOE |
|
|
|
Fluorescein |
Fluorescein |
Fluorescein |
|
CY3 |
CY3 |
|
|
Cy5 |
Cy5 |
Cy5 |
|
CY5.5 |
|
CY5.5 |
|
IRDye 700 |
|
|
|
IRDye 800 |
|
|
|
CAL Fluor Gold 540 |
|
|
|
CAL Fluor Orange 560 |
|
|
|
CAL Fluor Red 610 |
|
|
|
Rhodamine |
|
|
|
Rhodamine Green |
|
|
|
Texas Red |
|
|
|
|
FITC |
FITC |
|
LCRed 610 |
|
LCRed 610 |
|
LCRed 640 |
|
LCRed 640 |
|
LCRed 670 |
|
|
|
LCRed 705 |
|
|
Znaczniki niefluorescecyjne
|
Znacznik 5’ |
Znacznik 3’ |
Znacznik wewnętrzny |
|
Phosphate |
Phosphate |
|
|
|
|
C2 Amino dT |
|
C6 Amino |
|
|
|
|
C7 Amino |
|
|
C12 Amino |
|
|
|
Biotin |
Biotin |
|
|
Thiol |
Thiol |
|
|
Digoxigenin |
|
|
|
|
ddC |
|
|
Inosine |
Inosine |
Inosine |
|
2’ Deoxyuridine |
2’ Deoxyuridine |
2’ Deoxyuridine |
|
Methylocytosin |
Methylocytosin |
Methylocytosin |
|
32P |
|
|
|
33P |
|
|
|
|
Dabcyl |
|
|
|
BHQ 1 |
|
|
|
BHQ 2 |
|
|
|
BHQ 3 |
|
Synteza oligonukleotydów RNA
Oligonukleotydy RNA mają coraz większe znaczenie w badaniach strukturalnych, w których mogą być stosowane jako sondy w Northern blotting lub hybrydyzacji in situ. Firma Metabion oferuje oligonukleotydy RNA niemodyfikowane i modyfikowane, od 2 do 80 merów. Wszystkie oligonukleotydy są oczyszczane HPLC i dostępne w dwóch różnych skalach:
· 0,2 µmola/40 nmoli lub 8 OD wydajność gwarantowana*
· 1,0 µmola/80 nmoli lub 18 OD wydajność gwarantowana*
*odnosi się do 20-merowego oligonukleotydu RNA.
Oferta firmy Metabion zawiera szeroką gamę modyfikacji oligonukleotydów RNA. Poniższa tabela przedstawia jedynie najczęściej spotykane.
|
Modyfikacje RNA |
|
|
5’ |
3’ |
|
Phosphate |
|
|
CY3 |
|
|
CY5 |
|
|
HEX |
|
|
FAM |
|
|
TET |
|
|
TAMRA |
TAMRA |
|
Biotin |
Biotin |
|
Amino |
Amino |
|
|
Thiol |